Uno de los defectos que se achacan al iPhone es que la batería no puede ser sustituida por el usuario. Al igual que ocurre con los iPod, hay que remitir el equipo al servicio técnico de Apple para que hagan el cambio. La operación tardará tres días laborables y costará 85,95 dólares (algo más de 63 €), portes incluidos. La firma ha publicado el precio de su programa de sustitución de baterías en respuesta a las protestas de algunas asociaciones de consumidores.

Cambiarle la batería al iPhone costará 20 dólares más que hacerlo al iPod. Los precios indicados son los que se aplican en el mercado norteamericano, el único donde se vende el iPhone hasta ahora.

En España, el servicio de cambio de batería de los iPod cuesta 69 € en los servicios autorizados de Apple, y 99 € si se solicita en la web del fabricante. En este caso, incluye los costes de envío.

La imposibilidad de cambiar la batería es una de las mayores limitaciones del iPhone. Si bien el citado servicio de sustitución de baterías de Apple resuelve el problema cuando la batería pierde su capacidad de carga al cabo del tiempo, no ocurre lo mismo durante la utilización diaria: por satisfactoria que resulte la autonomía del iPhone respecto a la de otros teléfonos avanzados, muchos usuarios profesionales prefieren llevar consigo una segunda batería cargada para cambiarla sobre la marcha cuando se agote la primera, algo que no es posible hacer en el terminal de Apple.